Als Verbindungsstrom zwischen dem Atlantik und den Programmgewässern in Baden-Württemberg ist der Rhein für die Wanderfische größtenteils Wanderkorridor zu den Laichplätzen. Mit dieser Funktion alleine würde man diesem bedeutenden Fischgewässer jedoch nicht gerecht werden. Der frei fließende Rhein mit seiner inzwischen wieder hohen Gewässergüte ist für Wanderfische Lebensraum und Kinderstube zugleich. Regelmäßig werden durch Kontrollbefischungen und an den Fischpässen Iffezheim und Gambsheim sämtliche vorhandenen Wanderfischarten nachgewiesen. Es ist darüber hinaus anzunehmen, dass Lachse, Meerforellen und Meerneunaugen gerade im baden-württembergischen Rhein flussabwärts von Iffezheim wieder ablaichen. Begünstigt wird die hohe ökologische Qualität des freifließenden Rheins flussabwärts von Iffezheim durch die kontinuierliche Kieszugabe der Bundeswasserstrassenverwaltung. Hierdurch entstehen flussabwärts bis Karlsruhe auf weiten Flächen große Kiesbänke in hoher ökologischer Funktionsfähigkeit. Den Wanderfischen als Kieslaicher (benötigen kiesige Sohle als Laichsubstrat) kommt die Geschiebezugabe zugute. Inzwischen muss die Arbeit der Bundeswasserstraßenverwaltung am Rhein als wesentliche Erhaltungsmaßnahme für Fischarten der Flora-Fauna-Habitat-Richtline der Europäischen Union bewertet werden.

Maifische dürften ebenfalls ausreichende Laichbedingungen in diesem Abschnitt des Rheins vorfinden. Der Rhein strömt hier ausreichend stark und die kiesigen Stellen sind für den Maifisch ideal. Jährlich werden in Iffezheim einige Exemplare des Maifisches registriert oder Einzelfische von Berufsfischern gefangen.

Der Rhein hat somit ein großes Potenzial für Wanderfische. Sofern die strukturellen Voraussetzungen am Rheinufer künftig weiter verbessert werden und gleichzeitig die direkt am Ufer schwimmende Brut sowie sensible Jungfische vor dem Wellenschlag der Schiffahrt geschützt werden, ist von einer erheblich positiven Entwicklung der Fischbestände auszugehen.

Sämtliche heimischen Neunaugenarten werden seit einigen Jahren wieder regelmäßig und teilweise in sehr großen Stückzahlen im Rhein und den Mündungen seiner Zuflüsse nachgewiesen. Interessant ist der Nachweis von Neunaugen über die Wasserentnahmestellen der thermischen Kraftwerke am Rhein. Im Jahr 2011 konnten in Philippsburg viele tausend Neunaugen gezählt werden. Damit zukünftig die Wanderfische bei ihrer Abwärtswanderung an den Feinrechenanlagen nicht geschädigt werden, sind spezielle Schutzvorrichtungen geplant bzw. im Bau. Auch sollen Bypässe geschaffen werden, damit die Fische und Neunaugen ihre Abwärtswanderung in Richtung Meer fortsetzen können. 

Im Frühjahr 2010 konnte die Fischereibehörde am Regierungspräsidium Karlsruhe Querder (Larven) von Neunaugen in Sedimenten im Rhein erstmals direkt nachweisen. Damit wurde bestätigt was lange vermutet wurde: der Rhein ist ein bedeutender Lebensraum für Jungstadien der Wanderfische.